细菌的构成包括了基本结构和特殊结构。基本结构是每一种细菌所共有的，包括细胞壁、细菌膜、细胞质和核质等。
细胞壁是细菌的外壳，具有维持细菌形态、保护细菌的功能。细胞壁还参与了菌体内外的物质交换，并且其上的抗原决定簇决定了菌体的抗原性。细胞壁还是鞭毛运动的支点。
细菌膜是细菌的重要结构之一，它负责物质转运、生物合成、呼吸作用和作用。细菌膜上还含有丰富的酶系统，参与营养物质的合成与分解，是细菌蛋白质和酶类合成的重要场所。
除了基本结构外，细菌还有特殊的结构，如荚膜、鞭毛、菌毛和芽胞等。荚膜是细菌的保护层，具有致病性、抗原性和鉴别细菌的作用。鞭毛是细菌的运动器官，具有鉴定价值、致病性和抗原性。菌毛是一种纤细的蛋白性丝状物，分为普通菌毛和性菌毛两类。芽胞是细菌的休眠状态，具有极强的抵抗力，是鉴定细菌和灭菌效果的指标之一。
在特殊结构中，与医学关系最为密切的是鞭毛和菌毛。鞭毛能使细菌趋向营养物质而逃避有害物质，具有抗原性并与致病性有关。菌毛可促使细菌黏附于宿主细胞表面而致病，性菌毛还能将遗传信息传递给F-菌，使其获得新的遗传性状。如霍乱弧菌的性菌毛能使其获取霍乱肠毒素。总之特殊结构对于细菌的生长繁殖、致病性以及免疫原性都具有重要作用。而某些细菌的休眠状态形成的芽胞是其对于不利环境的适应策略，一旦条件适宜就能恢复为繁殖体并致病。例如炭疽、破伤风等病症都是由芽胞菌引起的。
