关于“狼图腾”的存在与否，蒙古族作家郭雪波明确表示反对。身为北京作协的作家，郭雪波是蒙古人，他通过微博指出，狼从来不是蒙古人的图腾，蒙古所有文史中从未有狼为图腾的记载。同样，社科院文化研究室的色音也指出，把狼当作蒙古人的图腾缺乏历史依据。
郭雪波长期进行生态文学创作，曾创作过与狼相关的题材。对于姜戎在《狼图腾》中对狼的描绘，郭雪波表示担忧。他提到姜戎所引用的“苍狼白鹿”的传说并不足以证明狼是蒙古人的图腾。姜戎所描绘的狼的形象、核心人物和情节都来自于郭雪波的早期作品。对于姜戎把传说当做真实历史来解读的做法，郭雪波表示不满。
色音指出，“图腾”是西方的概念，而蒙古族历史上并没有明确的图腾。蒙古人的是萨满教和后来的藏传佛教，两者都没有崇拜狼的传统仪式。对于电影和小说中关于成吉思汗以狼为师的说法，色音表示这并没有历史证据支持。他认为这只是对古代北方游牧可能受到狼群启发的猜测，而非真实的历史事实。
除了对“狼图腾”概念的批评，作家和学者们还对电影和小说中的历史细节提出质疑。郭雪波指出，成吉思汗的战旗是九足神鹰，而非狼旗。电影中的一些情节和对白也被质疑不符合历史真实情况。对于电影中关于狼的描绘，郭雪波表示担忧，认为电影和小说都在美化狼的形象，忽视了人们对狼的真实感受。
与原著相比，电影更加强调环保主题，提到狼在草原生态中的作用。郭雪波认为这片面夸大了狼的生态作用。他解释说，狼吃老鼠和动物死尸确实有一定的生态平衡作用，但这种作用并不是决定性的。草原沙化的原因多种多样，包括历史原因、人类活动以及气候变化等因素。
电影中还表现了狼群的某些行为以及蒙古人的某些习俗，但在郭雪波看来，这些都不符合生活常识或历史真实情况。他批评电影中的某些情节缺乏常识性错误，并认为电影所宣扬的“狼性文化”和追求自由的精神并不符合狼的实际行为和生活习性。在他看来，电影中对狼的描述只是一种主观想象。
