自来也为揭示晓的真正目的，孤身前赴隐雨村探寻真相。得知隐雨村的者被称为佩恩之神，与晓有着千丝万缕的联系。当自来也遇到佩恩时，发现其拥有与自己徒弟相似的轮回眼，误以为佩恩即是长门，传闻中的，能改变世界命运。
佩恩拥有六道之身，每个身体都配备有轮回眼。初次交锋时，自来也仅面对三个佩恩，以仙人状态施展幻术成功击败他们。意外的事情发生了，另外三个佩恩竟然复活了已逝的同伴，并重创了自来也。
经历一番激战，自来也意识到这六个佩恩并非长门，而是他曾经击杀过的人。他将其中一人引入结界内消灭，并让带回木叶村。为了寻求佩恩真身，他冒险走出结界，最终发现了佩恩的秘密，但也因此付出了生命的代价。
在临死前，自来也将佩恩的秘密以密码形式刻在身上，让其带回木叶村。而自己则长眠于隐雨村的湖底。
至于佩恩，也就是长门为何要杀死自己的恩师自来也，这与其好友弥彦的死有着密切的关系。长门、弥彦和小兰三人创立晓时，曾受自来也的，以和平为目标。随着晓的壮大，他们被多次作为佣兵利用，逐渐被其他势力视为威胁。在一次委托任务中，几个忍者村联手了晓，弥彦为保护长门挡下了团藏的攻击而丧命。这一事件让长门彻底放弃了对自来也所期望的和平世界的，他开始怀疑并否定和平的理念，产生了扭曲的心态。
他杀死自来也是为了否定自来也的“和平”理念。他想要依靠自己的力量创造他所期望的和平世界，因此他选择了杀死自来也。以上观点仅供参考，各位读者如有其他想法，欢迎与小编共同探讨。
