苹果在储藏期间，常常会面临生理害和真菌害两大难题。这些病害的发生，往往与果实所处的环境、果树的营养状况以及采后处理不当等因素有关。
斑点病是苹果储藏期的一种常见生理病害，主要发生在果实表面。当果实接近成熟期时，会出现黑褐色小圆斑，这些斑点不仅影响苹果的外观品质，还可能成为其他病菌的入侵点。斑点病的出现，可能是由于果树早期落叶、缺磷、采收过早，或者在储存期间通风不良、温度过高所致。
苦痘病是另一种苹果储藏期的常见病害，它可以在果实采收期及储藏期间发生。这种病害会使果皮向内凹陷，呈现灰褐色或绿褐色，病斑多为圆形。苦痘病的主要原因是果实含钙量较低而总氮含量较高，同时也与成熟期气温较高有关。防治苦痘病的关键是使苹果在生长发育后期吸收足够的钙。采前可以通过喷洒氯化钙或硝酸钙等溶液来补充钙质。
虎皮病是苹果储藏后期的主要病害。发病初期，果面出现浅褐色，随着病情的发展，病斑会干缩下陷，甚至引发果肉腐烂。虎皮病的主要原因是窖中缺氧，果实在无氧条件下呼吸产生乙醇，导致细胞中的酚类物质氧化变色。
轮纹病和炭疽病也是苹果储藏期的两种重要病害。它们的症状相似，但也有一些区别。轮纹病的病斑呈褐色，表面凹陷不明显，后期会出现同心轮纹状病斑；而炭疽病的病斑则呈黑褐色，明显凹陷，并产生排列成同心轮纹状的小黑点。这两种病害都会引发果实腐烂，对苹果的储藏品质造成严重影响。
为了防治这些储藏期病害，果农们采取了多种措施。在早春时期刮除枝干上的病瘤及老翘皮，清除果园的残枝落叶，并集中烧毁或深埋，以铲除越冬菌源。在生长期进行喷保护，使用适当的剂进行防治。在多雨年份和晚熟品种上，可以适当增加喷次数。在采前和采后，可以使用托布津或多菌灵等剂进行浸泡处理，以达到防病效果。在储藏期间，剔除病果和其他有损伤的果实，使用多功效保鲜纸包果，并适当降低贮藏温度，进行气调储藏，也能起到较好的防治效果。
