秦时明月的组合技能系统是游戏中的一大亮点。玩家可以通过组合两个或更多的弟子，发动强大的究极技能，为战斗增添更多的不确定性和乐趣。下面是对目前已知的组合技能的总结。
（注：以下组合技能的排列顺序仅与收集的时间先后有关，与其他因素无关。）
1. 零号：石兰、少羽、天明同时上阵可发动。此技能对技能目标中攻击低于石兰的单位造成额外技能伤害。
2. 龙腾万里：当小貅貅和小黎同时上阵时，可发动此技能。该技能对敌方血量最低的弟子造成伤害，并在目标死亡时对其同排弟子造成额外伤害。
3. 火凤涅槃：少年白凤与弄玉共同上阵可发动此技能。该技能造成伤害后使目标进入燃烬状态，受伤害时增加其最大血量10%的伤害。结算伤害后若目标血量低于或高于50%，燃烬效果将翻倍或额外增加两回合。
接下来是更多组合技能：
4. 天下大同：张良、颜路、伏念共同上阵时发动，该技能以防御最低单位的防御值计算对所有目标的伤害。
5. 阳春白雪：高渐离与雪女共同上阵的技能，技能伤害后，血量低于50%的技能目标将进入冰冻状态两回合。
6. 屠龙之刃：燕丹与荆轲同时上阵可发动，此技能对单体造成高伤害，若目标死亡，部分伤害将随机传递给另一个敌方单位。
7. 纵横宇内：盖聂与卫庄共同上阵，每当敌方单位死亡，此技能的伤害将提高10%。
8. 湘水之怒：湘君与湘夫人同时上阵可发动，该技能对敌方前排全体造成攻击，每杀死一个目标，敌方后排全体进入恐惧状态一回合。
9. 高山流水：琴高与旷修共同上阵，使用该技能时暴击率额外提高10%，被该技能暴击的敌方弟子若攻击力低于琴高，计算伤害时将无视其防御。
10. 黄图霸业：戎装嬴政与残虹盖聂同时上阵可发动，此技能对当前血量最高的两个目标必定暴击。
11. 天地玄黄：木剑盖聂与逍遥子共同上阵，对血量最多的敌方单位造成额外30%的技能伤害。
12. 白羽墨影：墨鸦与白凤同时上阵的技能，对技能目标造成高额伤害，若目标血量低于一定比例，将直接阵亡。
13. 冰魄寒针：乐师雪女与端木蓉共同上阵，使敌方血量不同比例的单位进入冰冻状态或受到额外伤害。
14. 混沌洪荒：东皇太一、月神和姬如千泷同时上阵时发动，令附有诅咒状态的单位进入眩晕状态一回合。
15. 韩梦寒梦：姬无夜与赤炼共同上阵的技能，对敌方攻击力最高的单位及其相邻单位造成伤害，并令目标单位进入眩晕状态。相邻单位受到额外伤害。
此外还有其他组合技能如绝命七式和鬼谷吐纳术等，每种组合都有其独特的发动条件和特效，为游戏增添了丰富的策略性和趣味性。
