土壤酶活性衡量研究：
在土壤中，许多种酶如脲酶、磷酸酶和过氧化氢酶等都参与到各种生物化学反应中。通过对这些酶活性的检测，我们可以了解土壤微生物的代谢活跃度。比如，通过测量土壤中尿素分解产生的氨气量，可以评估脲酶的活性；检测有机磷化合物分解产生的无机磷量，可以反映磷酸酶的活性。随着生态恢复，处理后的土壤酶活性会逐渐增强，这也表明土壤微生物的代谢活性在逐步提高。
关于土壤微生物呼吸速率的测定：
我们可以通过测量土壤释放二氧化碳的速率或者消耗氧气的速率来表征土壤微生物的呼吸速率。这项操作通常使用气相色谱仪、气体分析仪、氧电极或专门的呼吸仪等设备来完成。这种方法简单易行，结合土壤酶活性分析，可以更准确地反映和理解土壤微生物的活跃程度。
土壤微生物成分分析：
这包括ATP法和磷脂脂肪酸法。ATP作为微生物细胞内的能量货币，其含量与微生物活性紧密相关。通过提取并定量分析土壤中的ATP，我们可以了解土壤微生物的代谢活性。磷脂脂肪酸是微生物细胞膜的重要成分，不同类型的微生物含有不同种类和比例的磷脂脂肪酸。分析土壤中磷脂脂肪酸的构成和含量，可以揭示土壤微生物群落的结构和活性。
放射性同位素标记技术的应用：
在环境中加入微量放射性同位素标记的大分子前体物质，如胸腺嘧啶核苷、亮氨酸和乙酸盐等。经过一段时间的孵育后，通过测量微生物体内相应大分子的放射性活度，可以反映微生物的生长速度，从而了解它们的代谢活性。其中，胸腺嘧啶核苷和亮氨酸常用于测定土壤细菌的生长速率，而乙酸盐则多用于测定真菌的生长速率。
RNA直接表征法：
RNA仅存在于活跃的微生物中，因此我们可以通过定量聚合酶链式反应（定量PCR,qPCR）或宏转录组的方法，对mRNA进行测定，以了解土壤微生物特定或全部代谢过程的活性，并获取相应的微生物群落信息。通过定量聚合酶链式反应或扩增子测序对rRNA进行测定，可以反映微生物的总活性，并且还可以获取微生物群落的信息。
稳定同位素探针技术：
向土壤中添加标记的稳定同位素，如13C、15N等，然后追踪微生物对这些同位素的摄取和转化情况。例如，添加13C标记的有机污染物后，通过检测土壤中13C的含量和分布，可以了解微生物对有机污染物的降解和代谢情况。这种方法为我们提供了深入了解土壤微生物生态功能的重要工具。
