化学分析发现鸭蛋中除了含有丰富的蛋白质之外，还含有许多脂肪。鸭蛋的脂肪含量大约占据整个蛋的16%。这些脂肪大部分（99％以上）存在于蛋黄中，因此蛋黄的脂肪含量高达约31％。也就是说，鸭蛋的蛋黄几乎三分之一是由脂肪构成的。
在蛋黄内部，这些油脂并不是以游离的形式存在，而是均匀地分散在水溶液中，形成了一个乳剂系统。蛋黄中的蛋白质和磷脂起到了乳化剂的作用，帮助油脂稳定分散。这些成分共同组成了脂蛋白的结构，其中疏水的油脂被包裹在内部，而蛋白质和磷脂的亲水部分则在外部。
在鸭蛋腌制过程中，盐离子会通过蛋壳及蛋壳膜渗透到蛋内。这个过程会导致蛋黄中的蛋白质发生“盐析”作用，进而凝固变性并析出。蛋黄中的脂质与蛋白质分离，原本分散的脂质开始，这就是我们看到的“流油”现象。虽然盐离子改变了蛋白质和脂质的形态和食用品质，但并没有改变它们的成分。
那么为什么只有蛋黄会流油，而蛋白不会呢？这主要是因为蛋黄和蛋白的成分有所不同。蛋黄的脂质含量可以达到约30%，而蛋白的脂质含量通常低于1%。即便蛋白的蛋白质析出，也不会形成大量的油脂。
在腌制过程中，除了油脂的，还会有一些脂溶性物质如天然色素的。这些物质使得腌制程度较高的咸蛋泽更深，呈现出红亮的色泽。值得注意的是，不同的食盐浓度对咸鸭蛋的品质有着显著的影响。因为在蛋黄“流油”的部分脂肪酸会分解氧化，产生小分子的风味物质，这些物质会对咸鸭蛋的蛋黄品质产生影响。
